يتولى المركز في سبيل تحقيق أهدافه الاختصاصات الآتية:
وضع الاستراتيجيات والخطط والبرامج والمبادرات والإجراءات والضوابط اللازمة فيما يتعلق بأهدافه.
وضع القواعد اللازمة للتأهيل والترخيص لمقدمي الخدمة.
الترخيص لمقدمي الخدمة، واتخاذ الإجراءات النظامية بحقهم عند مخالفة الأنظمة أو الإخلال بالتزاماتهم.
الإشراف والرقابة على أعمال مقدمي الخدمة من خلال التقييمات الدورية لهم.
التعاقد مع مقدمي الخدمة وفقاً للإجراءات النظامية، لتقديم الوسائل الوقائية والعلاجية للنباتات والحيوانات.
التدخل السريع لتقديم العلاج اللازم فيما يتعلق بالآفات والأمراض الحيوانية، عند عدم وفاء مقدم الخدمة بالتزاماته أو عند عدم وجود مقدم خدمة.
الكشف الدوري لضمان عدم تفشي الآفات وتقصي الأمراض الحيوانية، بالتعاون مع الجهات المختصة.
تطوير تقنيات الوقاية والمكافحة، واعتمادها.
تطوير قاعدة بيانات للمعلومات عن الآفات والأمراض الحيوانية وانتشارها، وتحديثها، والعمل على توفيرها لأصحاب المصلحة حسب السياسات المعتمدة.
تنظيم عملية الحد من انتشار الآفات والأمراض الحيوانية والإشراف عليها، بالتنسيق مع الجهات ذات العلاقة.
وضع خطط الطوارئ المتعلقة بالآفات والأمراض الحيوانية، والإشراف على تنفيذها.
تحديد الآفات والأمراض الحيوانية المحتملة ومدى تأثيرها وضررها الاقتصادي، وحصرها، وتحديثها، ونشرها في قائمة الآفات والأمراض الحيوانية.
متابعة تحركات الآفات والأمراض الحيوانية بالدول المجاورة وخلال مواسم الهجرة، واتخاذ التدابير اللازمة، وإصدار الإنذارات المبكرة عنها.
الحصول من الأفراد والجهات الحكومية وغير الحكومية على المعلومات والبيانات المتعلقة باختصاصاته وما يحتاج إليه لأداء مهماته.
تقديم الخدمات الفنية والاستشارية في مجال مكافحة الآفات والأمراض الحيوانية.
إصدار جميع التقارير والإحصائيات الدورية والسنوية الخاصة بالآفات والأمراض الحيوانية بعد التنسيق مع الوزارة.
إقامة المعارض والمؤتمرات والندوات والحملات التوعوية في شأن مكافحة الآفات والأمراض الحيوانية، وذلك بالتنسيق مع الجهات المختصة.
إبرام مذكرات التفاهم والاتفاقيات - وفق الإجراءات النظامية المتبعة - مع الهيئات المحلية الحكومية والجهات غير الحكومية من الشركات والمؤسسات، للاستفادة من أفضل التقنيات والأنظمة والبحوث والدراسات في المجالات المتعلقة بمكافحة الآفات والأمراض.
أي اختصاص آخر - يقره المجلس - ذي صلة بأهداف المركز.