تهدف الهيئة إلى تنظيم نشاط النقل العام والإشراف عليه وعلى سلامة تشغيل مرافقه وتجهيزاته وحسن إدارتها، وتوفيره بالمستوى الجيد والكلفة الملائمة، وتنظيم الاستثمار فيه بما يتفق مع أهداف التنمية الاقتصادية والاجتماعية في المملكة، وتراعى في كل ذلك الجوانب الفنية والبيئية والتكامل مع أنظمة النقل الجوي. وللهيئة في سبيل تحقيق أهدافها ممارسة المهمات والاختصاصات الآتية:
1 - إعداد الخطط السنوية والخمسية لنشاطاتها في إطار الأهداف والسياسات العامة لها بالتنسيق مع الجهات ذات العلاقة.
2 - الإشراف على تنفيذ خطط النقل العام على مستوى المملكة، والتأكد من توافر التمويل لأنشطته من مصادره المختلفة.
3 - اقتراح السياسات العامة والتشريعات الخاصة بالنقل العام، والإشراف على تنفيذها بعد اعتمادها.
4 - ضمان عدالة المنافسة بين مقدمي خدمات النقل العام.
5 - إجراء البحوث والدراسات اللازمة لتقويم نشاط النقل العام، والعمل على تطويره باستمرار.
6 - تحديد شبكة خطوط النقل العام ومساراتها.
7 - وضع أسس تنظيم الأنشطة الخاصة بمرافق النقل العام وإداراتها.
8 - وضع المواصفات والشروط الفنية ومعايير السلامة اللازمة لوسائل ووسائط النقل العام، بالمشاركة والتنسيق مع الجهات ذات العلاقة.
9 - إصدار التراخيص والتصاريح لجميع وسائل النقل العام، وإلغاؤها في حال مخالفة أحكام الأنظمة ذات الصلة.
10 - تحديد مواقع مرافق النقل العام – بالتنسيق مع الجهات ذات العلاقة – والإشراف على خدماتها، بما في ذلك محطات الوصول والانطلاق لوسائط النقل العام وأهمية قربها من المطارات.
11 - اقتراح آلية لتنظيم أجور النقل العام وأسس تسعيرها، ومتابعة الالتزام بها بعد اعتماد الأجور من الجهات المختصة.
12 - مراقبة وسائل النقل العام ومرافقه في المملكة، وإعادة هيكلتها بما يتناسب مع الحاجة إليها.
13 - توظيف التقنية في تنفيذ ومراقبة أعمال الهيئة ومهماتها.
14 - إعادة الدراسات اللازمة لمخططات النقل العام وتصميم منظوماته.
15 - مراقبة الالتزام بتنفيذ العقود المبرمة بين الهيئة والأطراف الأخرى.
16 - العمل على حماية مصالح المستخدمين المتعلقة بخدمات النقل العام، ومراقبة أداء المرخصين والمصرح لهم بتقديم تلك الخدمات، واتخاذ الإجراءات التي تكفل تقيدهم بشروط التراخيص والتصاريح الممنوحة لهم.
17 - التأكد من سلامة وسائط النقل العام بالتعاون والتنسيق مع الجهات ذات العلاقة.
18 - توفير الظروف الملائمة لجذب الاستثمارات في مجال النقل العام.
19 - العمل على وضع المواصفات اللازمة للحد من التلوث البيئي المرتبط بأنشطة النقل العام، بالتعاون مع الجهات المختصة.
20 - التنسيق مع الهيئة العامة للطيران المدني والجهات المعنية الأخرى لضمان تنفيذ الاستراتيجية الوطنية للنقل.
21 - تمثيل المملكة في المنظمات الدولية والإقليمية ذات العلاقة بالنقل العام.
22 - متابعة تنفيذ اتفاقيات النقل المبرمة بين المملكة والدول الأخرى.
23 - التحقيق فنياً في حوادث النقل العام التي تنتج منها خسائر في الأرواح أو الممتلكات أو تعطيل لأنشطة النقل العام، بالمشاركة مع الجهات المختصة.
24 - القيام بأي مهمة أخرى تكلف بها في مجال اختصاصها