المجلس هو السلطة العليا المهيمنة على شؤون الهيئة وتصريف أمورها، وله ممارسة جميع الصلاحيات واتخاذ جميع القرارات اللازمة لتحقيق أغراضها؛ وذلك في حدود أحكام التنظيم، وله بوجه خاص ما يأتي:
1- إقرار خطط الهيئة وسياساتها وبرامجها، ومتابعة تنفيذها.
2- اعتماد القواعد اللازمة لإدارة الموانئ وفقاً لأفضل النظم والأساليب الدولية.
3- اعتماد اللوائح والقواعد والمعايير الخاصة باستخدام الموانئ.
4- اعتماد معايير الأمان والسلامة والبيئة الخاصة بالموانئ، ومتابعة تنفيذها.
5- اعتماد هيكل الهيئة الإداري ودليلها التنظيمي.
6- اعتماد لوائح الهيئة المالية والإدارية والتشغيلية والاستثمارية.
7- اعتماد لائحة منح التراخيص.
8- اعتماد المقابل المالي الذي تتقاضاه الهيئة عن الخدمات التي تقدمها.
9- مراجعة الأجور وفئاتها الواردة في نظام رسوم وأجور خدمات الموانئ الصادر بالمرسوم الملكي رقم (م/42) وتاريخ 2 / 7 / 1405 هـ، وتعديلها واعتمادها وإلغاؤها، متى اقتضت الحاجة ذلك، وعليه عند قيامه بذلك مراعاة الآتي:
أ‌- أن تكون فئات الأجور ضمن المعايير المعمول بها وضمن الأسعار المنافسة دوليًّا وإقليميًّا.
ب- أن تكون الأجور محفزة لشركات النقل البحري والخاصة للتشغيل في الموانئ واستخدام مرافقها والاستفادة من خدماتها.
ج‌- أن يؤخذ في الاعتبار الأهمية الاستراتيجية لبعض موانئ المملكة.
10- استحداث فئات لخدمات الموانئ، وتحديد مبالغ أجورها، وتعديلها، متى اقتضت الحاجة ذلك.
11- الموافقة -بعد التنسيق مع صندوق الاستثمارات العامة- على تأسيس شركة أو أكثر، أو على دخول الهيئة في شركات قائمة شريكاً أو مساهماً وفقاً للإجراءات النظامية.
12- تحديد خدمات تشغيل الموانئ المستهدفة بالتخصيص.
13- تحديد البنية الأساسية للموانئ التي تقوم بها الهيئة بمفردها أو بالاشتراك مع غيرها.
14- النظر في التقارير الدورية التي تقدم عن سير العمل في الهيئة وعن مركزها المالي واتخاذ ما يلزم في شأنها.
15- الموافقة على استثمار العقارات والمرافق التي تملكها الهيئة.
16- إقرار ميزانية الهيئة ورفعها بحسب الإجراءات النظامية.
17- إقرار حساب الهيئة الختامي وتقريرها السنوي وتقرير مراجع الحسابات، ورفعها بحسب الإجراءات النظامية.
18- إبرام الاتفاقيات والعقود بأنواعها مع الأفراد والمؤسسات والشركات والمنظمات فيما له علاقة بأغراض الموانئ ونشاطاتها ، ومراجعتها بصفة دورية بحسب المتطلبات التشغيلية، وتعديل ما يلزم في شأنها بالتوافق مع المستثمرين.
19- قبول الهبات والإعانات والمنح والوصايا والتبرعات والأوقاف وفقاً للأنظمة.
وللمجلس تفويض الرئيس في بعض تلك الصلاحيات.