يكون للهيئة محافظ بالمرتبة الممتازة، وهو المسؤول التنفيذي عن إدارة الهيئة، ويمارس الاختصاصات الآتية:
1- الإشراف على إعداد هيكل الهيئة التنظيمي، ورفعه إلى المجلس؛ للنظر في إقراره.
2- الإشراف على إعداد اللوائح المالية والإدارية للهيئة, ورفعها إلى المجلس؛ للنظر في إقرارها.
3- الإشراف على إعداد السياسات العامة للهيئة وخططها وبرامجها, ومتابعة تنفيذها بعد إقرار المجلس لها.
4- الإشراف على إعداد مشروع الميزانية والحساب الختامي والتقرير السنوي للهيئة، ورفعها إلى المجلس.
5- الإشراف على سير العمل في الهيئة، وإدارة الأمور الجمركية وجميع الإجراءات المتعلقة بتسيير أعمال الهيئة وما يعتمده المجلس في المجال الإداري والمالي والفني للهيئة.
6- تعيين العاملين في الهيئة والإشراف على منسوبيها، وفقاً للأنظمة واللوائح المعمول بها.
7- الصرف من ميزانية الهيئة، واتخاذ جميع الإجراءات المالية وفقاً للأنظمة واللوائح المعمول بها، وفي حدود الصلاحيات التي فوضه بها المجلس.
8- تمثيل الهيئة أمام القضاء, ولدى الجهات الحكومية والمؤسسات والهيئات الأخرى ذات العلاقة، وغيرها من الجهات داخل المملكة وخارجها.
9- التعاقد مع الغير وفق ما يقتضيه سير العمل في الهيئة، وفي حدود الصلاحيات التي فوضه بها المجلس.
10- التوقيع على الاتفاقيات ومذكرات التفاهم والعقود بعد موافقة المجلس، ووفقاً للإجراءات النظامية المتبعة.
11- تقديم تقارير دورية إلى المجلس عن أعمال الهيئة.
12- أي اختصاص آخر يكلفه به المجلس.
وللمحافظ تفويض بعض صلاحياته إلى غيره من منسوبي الهيئة.