يتولى المجلس الإشراف على إدارة شؤون المركز وتصريف أموره، ويتخذ جميع القرارات اللازمة لتحقيق أهدافه في حدود ما تضمنه التنظيم, وله على وجه خاص ما يأتي:
1- وضع السياسات العامة للمركز, وخطة العمل التي يسير عليها لتحقيق أغراضه، ومتابعة تنفيذ ذلك.
2- إقرار خطط المركز وبرامجه.
3- إقرار معايير الجودة في مجال التعليم الإلكتروني وضوابطها.
4- إقرار ضوابط الترخيص والتأهيل لبرامج التعليم الإلكتروني.
5- إقرار اللوائح المالية للمركز بالاتفاق مع وزارة المالية.
6- إقرار اللوائح الإدارية التي يسير عليها المركز وغيرها من اللوائح الداخلية اللازمة لتسيير شؤون المركز.
7- إقرار الهيكل التنظيمي للمركز.
8- الموافقة على إنشاء فروع ومكاتب للمركز.
9- تحديد المقابل المالي لما يقدمه المركز من خدمات وأعمال يرى المجلس استحصال مقابل مالي عنها.
10- إقرار سياسة الاستثمار المالي للمركز وفق الأنظمة.
11- قبول الهبات والتبرعات والمنح والوصايا والأوقاف وفقاً للأحكام المنظمة لذلك.
12- الموافقة على مشروع ميزانية المركز وحسابه الختامي وتقرير مراجع الحسابات والتقرير السنوي، ورفع ما يلزم بحسب الإجراءات النظامية المتبعة.
13- النظر في التقارير الدورية التي تقدم إليه عن سير العمل في المركز, واتخاذ القرارات اللازمة في شأنها.
وللمجلس -في ممارسة اختصاصاته- تشكيل لجان دائمة أو مؤقتة من بين أعضائه أو من سواهم, يعهد إليها بما يراه من مهمات، ويحدِّد في قرار تشكيل كل لجنة رئيسها وأعضاءها واختصاصاتها، ويكون لها الاستعانة بمن تراه لتأدية المهمات الموكولة إليها.
وللمجلس كذلك تفويض بعض اختصاصاته إلى رئيسه أو إلى من يراه من أعضائه أو من منسوبي المركز.