يكون للمركز رئيس تنفيذي يعين بقرار من المجلس، ويحدد القرار أجره ومزاياه المالية الأخرى، وصلاحياته ومسؤولياته، وتتركز مسؤولياته في حدود ما ينص عليه التنظيم، وما يقره المجلس، وله بوجه خاص الاختصاصات والصلاحيات الآتية:
1- اقتراح خطط المركز وبرامجه، والإشراف على تنفيذها بعد الموافقة عليها.
2- اقتراح اللوائح الداخلية، والتي من ضمنها اللوائح الإدارية والمالية.
3- اقتراح الهيكل التنظيمي للمركز.
4- اقتراح المقابل المالي للخدمات التي يقدمها المركز.
5- إدارة أعمال المركز.
6- الإشراف على الإعداد لاجتماعات المجلس.
7- حضور اجتماعات المجلس دون أن يكون له حق التصويت.
8- متابعة تنفيذ قرارات المجلس.
9- تعيين موظفي المركز، والإشراف على أعمالهم، وتقويم أدائهم، واتخاذ التدابير التأديبية في حقهم، وفقاً للوائح المركز والأنظمة ذات العلاقة.
10- تطوير علاقات المركز مع الشركاء المحليين والدوليين الفاعلين في نشاطه، وإبرام اتفاقيات التعاون ومذكرات التفاهم ذات الصلة.
11- فتح الحسابات المصرفية الخاصة بالمركز في البنوك المرخص لها بالعمل في المملكة، وتوقيع أوامر الصرف والحوالات المالية بحسب الميزانية المعتمدة.
12- إبرام العقود الخاصة بالمركز.
13- تمثيل المركز أمام القضاء والجهات الحكومية الأخرى والخاصة.
14- إعداد مشروع ميزانية المركز ومشروع حسابه الختامي وتقريره السنوي؛ تمهيدًا لعرضها على المجلس.
وللرئيس التنفيذي تفويض من يراه في بعض صلاحياته.