يكون للمؤسسة رئيس برتبة فريق أو ما يعادلها، يعين بأمر ملكي بناءً على ترشيح من رئيس المجلس، وهو المسؤول التنفيذي عن أداء المؤسسة، وتتركز مسؤولياته في الإشراف على أعمال المؤسسة وإدارتها في حدود ما ينص عليه هذا التنظيم وما يقرره المجلس، وله على وجه خاص الاختصاصات والمهمات الآتية:
1 - متابعة تنفيذ القرارات التي يصدرها المجلس وإحاطة المجلس بما يتم في شأنها.
2 - إعداد مشروع اللوائح اللازمة لتسيير العمل في المؤسسة ، واعتماد إجراءات العمل المبنية على اللوائح والقرارات التي يصدرها المجلس.
3 - اقتراح الخطة الخمسية وبرامجها، والإشراف على تنفيذها بعد إقرارها من المجلس.
4 - إقرار خطط الإنتاج، وإعادة النظر فيها كلما دعت الحاجة إلى ذلك .
5 - تعيين العاملين في المؤسسة وفقاً للقواعد المنظمة لذلك.
6 - الإشراف على منسوبي المؤسسة، ومباشرة الاختصاصات والصلاحيات الإدارية والمالية والفنية الممنوحة له وفقاً لهذا التنظيم وما تحدده اللوائح.
7 - الموافقة على عقد الندوات والمؤتمرات واللقاءات والمعارض المتعلقة بمجال عمل المؤسسة وفقاً للقواعد المنظمة لذلك.
8 - إقرار ابتعاث موظفي المؤسسة للدراسة والتدريب في الداخل والخارج ، وفقاً للقواعد المنظمة لذلك.
9 - توقيع اتفاقيات التعاون في حدود أغراض المؤسسة.
10 - التعاقد مع الخبراء والمستشارين في حدود أغراض المؤسسة ، وفقاً للوائح المنظمة لذلك .
11 - الإشراف على إعداد مشروع ميزانية المؤسسة، و الحساب الختامي، والتقرير السنوي، ورفعها للمجلس.
12 - اعتماد أوامر الصرف في حدود اعتمادات الميزانية.
13 - رفع تقارير دورية إلى المجلس عن أعمال المؤسسة ونشاطاتها ومنجزاتها.
14 - إصدار القرارات اللازمة لتنفيذ أحكام التنظيم واللوائح المالية والإدارية والفنية والتشغيلية، بحسب الصلاحيات الممنوحة له.
15 - إقرار تأمين احتياجات التصنيع العسكري بالأسعار السائدة ، وترسية الأعمال داخل المصانع ، وفقاً للوائح التي يعتمدها المجلس ، بما يحقق أمن وسرية المصانع العسكرية .
16 - تمثيل المؤسسة في علاقتها بغيرها من الجهات داخل المملكة وخارجها وأمام القضاء في حدود ما يفوضه به رئيس المجلس أو نائبه ، وله تفويض غيره بذلك.
17 - مباشرة ما تخوله إياه قرارات المجلس واللوائح الخاصة بالمؤسسة من اختصاصات، وله تفويض بعض صلاحياته ومهماته إلى غيره من المسؤولين في المؤسسة بما يضمن حسن سير العمل فيها، وفقاً للوائح الإدارية والمالية والتفويضات التي منحها له المجلس.
18 - ما يسنده إليه المجلس من مهمات أخرى.